Warning:Configuration ‘compile’ is obsolete and has been replaced with ‘implementation’.

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Warning:Configuration 'compile' is obsolete and has been replaced with 'implementation'.

についてはcompileではなく、implementationを使って。という警告なわけですが、gradleをすべて書き換えても表示されることがあります。

これは、使用しているローカルライブラリが依然としてcompileとなっているためと考えられます。修正を待つか、gradleのバージョンを落とす(最新にしない)ということになります。