テーマ、cocoonでのお話です。
モバイル向けの自動広告は優秀です。自動広告と、マニュアル広告を同時に使いたい。でも、「自動広告とマニュアル広告を併用」を使うよう書かれているサイトがほとんどで、cocoonにその設定がない！という場合の対処法です。
googleAdsense側の設定
Adsenseの画面で、[広告]→[サマリー]→[サイトごと]→[編集]（該当サイト）と進み、以下のように「既存の広告ユニットを最適化しますか？」をONにします。
広告コードの取得
広告コードをまだ取得していない場合、コードを取得します。
Adsenseの画面で、[広告]→[サマリー]→[広告ユニットごと]と進み、既存の広告ユニットから広告を張りたいサイトの右側、[コードを取得]に進みます。<> のアイコンです。
コードが表示されますから、そのすぐ下の、[コードをコピー]をクリックします。
Cocoon側の設定
WordPressのCocoon設定から、[広告]へ。広告コード欄に取得したコードを貼り付けます。
[アドセンス表示方式]では、[マニュアル広告設定]を選択します。「要AdSense管理画面で自動広告無効」と書かれていますが、問題ありません。そして、[広告の表示位置]で、広告を置きたい場所にチェックを入れてます（マニュアル設定）。自動広告が入りますので、必要最低限のところだけで十分でしょう。また、重複して広告が入ることもありません。うまく調整されて表示されます。
まとめ
自動広告はマニュアル設定された広告も含んだサイトを読み込んで、その上で、自動で広告を配置します。ですから、広告がマニュアルで適度に配置されていれば、広告が過度に配置されることもありません。ちなみに、このサイトではサイドバーを自動広告、本文のみ一部マニュアル広告としましています。